医院创建于1942年，前身为甘肃省立兰州高级助产职业学校附属产院、甘肃省妇婴保健院、甘肃省妇产科医院。该院是省卫生健康委直属的非营利性公立保健医疗机构，是国家卫生健康委第一批授予的“爱婴医院”，其位置位于兰州市七里河区七里河北街143号。
该院的于1978年正式更名为甘肃省妇幼保健院并建现址，医院的总建筑面积为43993㎡，开设床位300张。从2012年开始，保健医疗综合楼、门急诊保健楼和甘肃省儿童医学中心业务楼相继投入使用，目前总建筑面积11.69万㎡，编制床位1500张，实际开放床位1150张。2016年负责筹建甘肃省妇女儿童医疗综合体项目（甘肃省妇幼保健院西院、甘肃省儿童医学中心西院、安宁新城医院），规划总建筑面积39万㎡，设置床位2300张。
甘肃省妇幼保健院的生殖医学中心于2002年成立，于2006年通过国家卫生部的评审，是正式开展人类辅助生殖技术的专业医疗机构。该院生殖中心现有的展业技术人员30名，其中主任医师3名，硕士10名，刘珍主任、倪亚莉主任为“甘肃省卫生厅领军人才”。近年来。已在国家级专业期刊上发表论文80多篇，完成科研课题20项，，获得国家级科技进步奖1项、省科技进步奖8项。2006年获“全国**红旗集体”荣誉称号。
目前该院生殖中心开展的人类辅助生殖技术包括人工授精技术、体外受精-胚胎移植技术（第一代试管婴儿）、卵胞浆内单精子显微注射技术（第二代试管婴儿）试管婴儿、胚胎移植前遗传学诊断（第三代试管婴儿）、激光辅助孵化、胚胎囊胚培养、胚胎及精子、卵子冻融技术、未成熟卵体外培养、多胎妊娠选择性减胎技术、睾丸活检、附睾穿刺取精技术及精子功能试验等。除此之外，该院生殖医学中心的门诊区积极推行不孕不育症及生殖内分泌疾病的规范化诊断，对各类不孕不育、女性生殖内分泌紊乱、复发性流产等疾病进行规范化的治疗。
经过七十余年的艰苦创业，甘肃省妇幼保健院已经取得了长足发展，先后三次荣获“全国卫生系统先进集体”称号，为全省妇幼卫生事业做出了突出的贡献。
