自试管婴儿技术诞生以来，这一直是备受关注的问题。临床研究显示，试管婴儿妊娠过程中早期流产率、异位妊娠率、出生胎儿畸形率等与同年龄自然妊娠的孕妇发生率无明显差异。在产妇年龄、单胎、多胎等相同条件下，试管婴儿和自然妊娠婴儿也没有明显区别。
采用试管婴儿技术时，精子和卵子分别来源于父母，孩子的发育受到父母遗传和后天环境影响，这同样与正常人没有差别。比如智力水平，影响人智力水平的因素很多，如基因遗传、大脑发育情况、孩子的性格以及后天接受到的教育等，但以上因素和通过何种方式受孕没有联系。
由于试管婴儿技术主要针对的是不孕不育人群，如果精子和卵子的质量得不到保证，可能会引起试管宝宝畸形率增加。所以，试管婴儿的出生缺陷率较高主要与父母年龄较大、健康状况、不良嗜好等干扰精子、卵子质量的因素相关，与试管婴儿技术无关。
随着试管婴儿技术的不断发展，一些人也就产生了不切实际的吃什么排卵多生双胞胎“幻想”。经常有夫妻咨询，“试管婴儿”是否可以选择生男生女？”，从技术层面回答是可以的，但从法律法规层面回答，不可以。
按照“试管婴儿”技术的分类，一代和二代均不能检测胎儿的染色体，不涉及性别识别。第三代技术是通过筛查胎儿染色体及某些基因，选择染色体或基因正常的胚胎进行移植，从技术上讲能够识别胚胎性别。但是，第三代技术只能适用于符合医学指征的胚胎性别选择。
人类辅助生殖技术管理办法明确规定，不得进行性别选择，法律法规另有规定的除外。任何一个获得国家技术准入的医疗机构都不允许任何非医学指征的胎儿性别鉴定。王晓红表示，在患者圈内，曾听到大家讨论，“通过个人关系，联系到胚胎实验室的工作人员或者资深的医生，就可以移植龙凤胎”“胚胎实验室工作人员可以看出胚胎的性别”，甚至某些小广告大肆宣传，“X万元可以帮助选择性别”，目前的试管婴儿性别筛查技术只对那些具有伴性遗传疾病的患者开放，而且性别筛查技术的实施步骤多、程序复杂，具有层层审查的临床工作流程，绝非某一个人或某一个工作岗位可以完成的。所以大家不要上当受骗，以免造成不必要的经济损失。
