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巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症的一类。为搞清巧囊不孕症的病因，首先要知道什么是子宫内膜异位症。子宫内膜异位是指子宫内膜组织（腺体及间质）位于子宫内膜及肌层之外的部分。
子宫内膜异位症的表现有：痛经（盆腔疼痛的发生率为70％ ~ 80％）、引起不孕、盆腔肿块、月经异常等。
子宫内膜异位症分为：卵巢型内异症、腹膜型内异症，深部浸润型内异症。巧克力囊肿是卵巢型子宫内膜异位症的一种。
子宫内膜异位症会影响到生育分娩的各个环节：
1、对盆腔的影响：
① 盆腔结构异常，如粘连、输卵管堵塞等;
② 盆腔环境异常：巨噬细胞增殖以及吞噬细胞功能的变化，分泌促进炎症因子和血管源性因子，引起盆腔环境发生变化，影响精卵之间的相互作用。
2、对子宫的影响：子宫内膜异常、雌激素和孕激素抵抗的原位产生，就会改变子宫内膜容受性。
3备孕、对卵巢的影响：内膜异位症的病变或是手术对卵巢功能的影响。
4、对卵子质量的影响：有临床研究表明，子宫内膜异位症会降低受精率，以及还会影响卵子的数量不孕不育，影响受精卵的质量。
对于子宫内膜异位症引起的不孕备孕，主要治疗方法如下：
1、期待治疗：适用于未婚、避孕患者，对这一部分应鼓励尽早治疗，然后早期进入备孕;
2、药物治疗：采用口服避孕药、高效孕酮治疗子宫内膜异位症时的疼痛症状，但不会增加妊娠率。
3、手术治疗：通过临床医生，根据疾病的不同阶段，需要选择不同的手术方式。术后复发率高，但卵巢功能容易受损。
人工助孕：其中包括人工授精（IUI）和体外授精——胚胎移植（IVF-ET），主要是适用于患有输卵管疾病的女性患者以及**有障碍的男性朋友或是其它疾病治疗失败的患者，都可选择。
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