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患有巧囊未经治疗的话是会影响到试管婴儿成功率的。卵巢巧克力囊肿是一种特殊类型的子宫内膜异位症，是子宫内膜异位到卵巢形成的，在早期病变很小时，它位于卵巢的浅表皮层。随着病变的发展，异位的内膜会侵犯卵巢的皮质，并在皮质内生长，并反复的周期性出血，形成一个或多个囊性结构。因此，在试管中取卵时，可能会影响试管的成功率，主要影响试管成功率的因素包括患者年龄、子宫内膜的环境等等。
影响试管成功率的主要因素：
1、年龄，影响试管婴儿成功率的最主要因素是年龄，一般在25岁~35岁为最佳生育年龄，35岁以上，女性卵巢功能会下降，试管成功率会降低;
2、子宫环境，子宫内膜是胚胎着床发育的重要部位，也是胚胎能否顺利着床的关键因素，子宫内膜过薄或过厚，胚胎不易着床，子宫内膜受损或有炎症等都会影响试管婴儿的成功率;
3、做完胚胎移植手术后，胚胎培育好后要移植到女性子宫，这个过程决定了试管婴儿是否能正常着床，适当地将胚胎放置在容易着床的地方，可以提高成功率;一般而言，移植胚胎的个数越多，成功率就越高;
4、心理状态，心理状态等也是影响试管婴儿治疗成功和失败的重要因素之一，心理压力过大，容易引起内分泌失调，从而导致胚胎难着床，所以不孕女性在试管婴儿治疗时应保持心理平衡，乐观豁达;
5、医生的经验，试管婴儿促排的主要目的是获得大量优质的卵泡，所以控制促排用药量不能过多也不能过少，如何准确控制用药是考验医生临床经验的。
需要注意的巧克力囊肿是，巧囊未治疗，或是处理不到位会影响试管成功率，所以患者应先将巧囊处理好，再进行试管。建议做试管婴儿的患者，在试管期间要注意放松，多吃富含维生素的食物和蔬菜。
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