临床上常将卵巢囊肿分为生理性和病理性两类：
随着月经周期的更替可自行消失的称之为生理性囊肿;
3个月经周期后仍持续存在的常被称为病理性囊肿。
初次发现的卵巢肿瘤，不必惊慌，但要在下次月经干净后立即复查B超，选择月经一干净就复查可以排除滤泡囊肿和黄体囊肿的干扰。
若照此随访三个月经周期囊肿仍然存在，可以和医生讨论手术，并不是所有的卵巢囊肿需要立刻手术。
对于良性卵巢肿瘤，需根据患者年龄美国最好试管医院排名、生育要求及对侧卵巢情况决定是否或手术范围。
绝经后妇女可行子宫及双侧附件切除术或单侧附件切除术。
对于有生育要求的妇女，则应更加注重正常卵巢组织的保留，有专家提出术中应尽量少使用电凝止血，以保护卵巢组织的功能。
子宫内膜异位囊肿需根据术中情况行AFS及生育力评分，必要时给予术后药物治疗及生育指导。
若考虑存在卵巢囊肿蒂扭转者，因长时间蒂扭转可导致卵巢的动脉血流受阻，卵巢将发生不可逆性缺血坏死，故应尽快手术。
对于恶性及交界性卵巢肿瘤，需行全面分期手术或肿瘤细胞减灭术。
